（1）食品加工廢水中含有大量病原體和微生物，這些病原體微生物的特點是數量大、分布廣、存活時間長、繁殖速度快、適應能力強、能產生抗性、會引起人體疾病。
（2）食品加工廢水是一種普遍的污染危害，會阻礙人的正常呼吸，導致精神煩躁不安，工作效率降低，記憶力下降，長期生活在這種環境，會導致神經損害。
（3）廢水長時間滲入地下，使地下水中的硝態氮和亞硝態氮濃度增高，地下水溶解氧含量減少，有毒成分增多，導致水質惡化，嚴重威及周邊生活用水的水質，高濃度污水還可以導致土壤空隙堵塞，造成土壤透氣，透水性下降及板結、鹽化，嚴重降低土壤質量，甚至傷害農作物，造成農作物生長受阻或死亡。
（4）食品工業原料廣泛，制品種類繁多，排出廢水的水量、水質差異很大。這些原因導致食品工業廢水的特點是有機物質和懸浮物含量高，易腐敗。
（5）這些廢水的危害主要使水體富營養化，已致引起水生生物和魚類死亡，促使水底沉積的有機物產生臭味，惡化水質，污染環境。
食品加工廢水中的主要污染物：
①原料清洗工段，漂浮在廢水中固體物質，如菜葉、果皮、碎肉、禽羽等，使廢水中含大量懸浮物
②生產工段，原料中很多成分在加工過程中不能全部利用，未利用部分進入廢水，使原料中含有夾雜的泥沙及其他有機物等
③成形工段，為增加食品色、香、味，延長保存期，使用了各種食品添加劑，一部分流入廢水，成為了溶解在廢水中的酸、堿、鹽、糖類等，化學成分復雜。
④原料夾雜的泥沙及其他有機物等，懸浮在廢水中的物質有油脂、蛋白質、淀粉、膠體物質等
⑤致病菌毒等
食品加工廢水的水量特征：
（1）生產隨季節變化，廢水水質水量也隨季節變化
（2）廢水量大小不一，食品工業從家庭工業的小規模到各種大型工廠，產品品種繁多，其原料、工藝、規模等差別很大
（3）食品工業廢水中可降解成分多，對于一般食品工藝，由于原料來自于自然界有機物質，其廢水的成分也以自然有機物質為主，不含有毒物質，生物降解性好。
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