與好氧過程相比,由于厭氧過程大大減少了生物體的合成量,所以除氮以外對其他營養元素的需要都成比例地減少了。除了對N和P兩種元素的需要外,一些含硫化合物(如硫酸鹽等)及某些金屬元素對甲烷菌的激活作用也是不容忽視的。盡管甲烷菌對含硫化合物和磷有特殊需要,但在反應器內這兩種元素維持非常低的濃度即可滿足其需要,但一般說來,氮的濃度必須保持在40~70mgL的范圍內才能維持甲烷菌的活性。所有微生物都離不開微量金屬元素,但厭氧生物處理中的微量金屬含量卻能帶來明顯的運行問題。鐵、鈷、鎳和鋅是最常報道有激活作用的微量金屬元素,甚至有報道稱鎢、錳、鉬、硒及硼等元素對甲烷菌代謝具有激活作用。